Археологические исследования, проведённые в 30-х годах ХХ века, установили что на месте нынешнего Таганрога в VI веке до нашей эры существовало греческое поселение Кремны, которое впоследствие было разрушено в результате многочисленных набегов кочевников. В эпоху активной колонизации итальянцами бассейна Чёрного моря пимерно в 13-м столетии нашей эры здесь был построен город-порт Пизано.
Первое упоминание о Таганроге датируется 12 сентября 1698 года. Таганрог был основан 
как крепость и гавань для военных судов по приказу Петра I. Позже это место стало называться Троецком на Таганьем рогу, затем Троицком, и наконец − Таганрогом. Строительство велось по проекту датчанина Трейгузина.
Первые годы сложились для города неудачно. По Прутскому мирному договору Россия обязалась разрушить гавань и город, что и было сделано в феврале 1712 года. Только в 1769 году в ходе русско-турецкой войны началось восстановление города по указанию Екатерины Великой. После основания Севастополя в 1783 году Таганрог потерял военно-стратегическое значение и превратился в крупнейший торговый порт России. Развитию города способствовала близость к сельско-хозяйственным районам. Шла торговля пшеницей, льном, паюсной икрой, пенькой. В Таганроге были открыты 15 иностранных консульств. В 1869 Таганрог был соединён железной дорогой с Харьковом и Ростовом-на-Дону.
В XIX веке город был центром торговли, с того времени сохранились интересные особняки итальянских и греческих купцов. Родина Антона Павловича Чехова (библиотека, театр и гимназия его имени), Фаины Георгиевны Раневской, Константина Аполлоновича Савицкого, Д. М. Синоди-Попова. В конце XIX века начала развиваться промышленность, были построены металлургический, котельный, машиностроительный заводы.
В годы Гражданской войны, с 1918 по 1920 в Таганроге располагалась Ставка генерала Деникина — Верховного главнокомандующего Вооруженных сил Юга России.
Зимой 1917−1918 в Таганроге под вымышленным именем греческого подданного Мандусакиса скрывался видный военачальник Императорской армии генерал П. К. Ренненкампф. После отказа вступить в Красную Армию, генерал Ренненкампф был арестован ВЧК и расстрелян (1 апреля 1918). Коллекция китайского искусства, собранная Ренненкампфом, в настоящее время находится в Таганрогском краеведческом музее 
(Дворец Алфераки).
В 1920−24 Таганрог входил в состав УССР, в 1924 был передан РСФСР, с 1937 в составе Ростовской области.
С 20-х годов ХХ века в городе интенсивно развивалась промышленность. Развитие было прервано захватом Таганрога фашисткими войсками 17 октября 1941 года. Оккупация длилась 680 дней и окончилась 30 августа 1943 года.
